剿灭了伪帝朱由榔和孙可望等反朝廷势力，在孟休城，新任缅莽白以最隆重的仪式接见了朱由崧，并排摆酒宴，载歌载舞，在那里朱由崧美美地享受了一番域外风情.数日之后，朱由崧带着数万大队别了莽白，搬师还国，缅王又亲备礼品相送.
  朱由崧表示感谢，然而他的大军刚到云南，就接到了广东来的奏折，这奏折是李自成写来的.
  朱由崧折展开一看，不由得拍案而起:”好狡猾的郑芝龙，朕这次非端了你的老巢穴!”
  文武众将还不知道是怎么回事，朱由崧把奏折之事向众将说了一遍，众将这才清楚，原来是明军在广东战事不利.郑家叔侄上了郑芝龙的当，被囚于金门岛，李自成没有水师，请旨定夺.
  郑鸿逵和郑成功叔侄带着一支人马，讨伐唐王朱聿键，朱聿键主要是得到了大海盗郑芝龙的支持，占据福建和大半个广东，与朝廷对抗，当时由于朱由崧要亲征讨伐李自成和张献忠，才传旨让郑家叔侄为征南大元师和副元帅平定叛乱.把原来的操江水师刘文如派给他们叔侄当副将.
  这一仗打了两年多，双方各有胜负.数日之前，朱由崧平定了西南的匪乱，郑鸿逵和郑成功这路人马也打了胜仗，朱由崧坐镇广西时，为了加速唐王的灭亡，派出李自成带兵十万配合郑鸿逵，从侧翼攻击唐王的人马.
  李自成实力强大，统兵有方，攻必取，战必克，很快把拿下了整个广东，把唐王和郑芝龙的郑家军赶到了福建.
  因李自成连打胜仗，郑鸿逵和郑成功的仗也好打了，在福建北部也是节节胜利，唐王这兵马根本抵不住明军这两路大军的进攻，以郑芝龙为首的郑家军两面受敌，节节败退，一下子被逼到了福建南部沿海一带.
  从最强盛的两个省，地盘现在只剩下了漳州，泉州，福州等几地，人马从十几万，现在只剩下不足五万人.面对明军咄咄逼人之势，唐王朱聿键一筹莫展.和太子太保兵部尚书郑芝龙内阁首黄宗羲等所谓一帮文武臣僚商议对策.
  郑芝龙现在也没了脾气，被亲兄弟和亲儿子打得没脾气，主张退往海岛，仗凭他的海上实力与明军周旋.
  黄宗羲摇了摇头，现在朱由崧的实力越来越强大，李自成和张献忠都归顺了大明，一个强大的大明帝王呼之欲出了，他建议向东联系鲁王朱以海，另一方面要开辟新的根据地，进驻台湾.如果能占领了台湾，他们就可以凭海上的优势高枕无忧了.海岛靠近大陆，根本避不了多大风浪.
  朱聿键也想占领这个地方，但是他知道现在台湾被荷兰人霸占，荷兰有强大的海军，他们这些木船如何对付了荷兰的船坚炮利?
  还没商量出个具体可行的战略，福州守将背叛了他们投降了大明，郑鸿逵和郑成功的大军兵不血刃占据了福州，大兵进逼泉州.与此同时，李自成的人马逼近漳州，形势相当危急.
  最后郑芝龙一咬牙.想出一个狠招.建议朱聿键假意投降.郑芝龙和李自成张献忠一样，善于用诈降计对付崇祯，今天迫于无奈，又把一招抬出来了.
  朱聿键现在是江郎才尽，黄宗羲只是一个空谈误国的书生，文不能治国，武不能统兵，现在全指望着郑芝龙了.因此对郑芝龙言听计从.
  朱聿键和郑芝龙等人写了投降书，派人送交郑鸿逵，郑鸿逵和郑成功一看，高兴了，他就等着郑芝龙投降呢，如果真要投降了朝廷，他们还是一家人.
  但是事关重大，郑鸿逵不敢擅自作主，就派人向朱由崧行文请示，当时朱由崧正在缅甸大兴兵马，追歼朱由榔和孙可望等人，公文来往很需要一些时间，双方就此休兵罢战，等待朱由崧的旨意裁决.
  哪知郑鸿逵和郑成功被老奸巨猾的郑芝龙给耍了，郑鸿逵和郑成功派出给朱由崧行文的人，中途被郑芝龙派人伏击，被搜出了郑鸿逵和郑成功送给朱由崧的请示公文.
  郑芝龙和黄宗羲大喜，威逼利诱之下，这些人投降了唐王，唐王也很高兴，按照事先预定之计紧锣密鼓地进行，但郑鸿逵叔侄还蒙在鼓里，在这里按兵不动，一直等待他们陛下朱由崧的消息.
  数日之后，朱由崧的批文果然来了，说是准予唐王和郑芝龙投降，让郑鸿逵和郑成功就地接收唐王的兵马，进行改编.唐王和郑芝龙仍然官复原职，其犯罪责一律赦免，既往不咎.
  这道旨意当然是伪造的，是出自于大才子黄宗羲之手，他模仿朱由崧的笔迹，也完全符合朱由崧的处世风格，以前他对待李自成和张献忠等判匪的投降归顺都是这么处理的，然后伪造了玉印，什么都做的天衣无缝，很容易地瞒过了郑鸿逵叔侄.
  他们叔侄按旨意而行，就放松了对郑芝龙的警惕，以后是一家人了，郑芝龙和郑鸿逵，郑成功还私下去见了几次面，三个一家亲初次见面还抱头痛哭，接下来就打算接收郑芝龙的军队，按朱由崧的意思进行改编.
  哪知道这时突然接到老家来的消息，说是郑芝龙的年迈的老母突然重病，郑芝龙当时就哭了，就打算立即回去南安老家看望娘亲，来向郑鸿逵和郑成功辞行.因为尽管是他大哥是父亲，但是现在他是降将.
  郑鸿逵和郑成功这两个征南大元帅一听如晴天霹雳，因为郑芝龙的娘亲也是郑鸿逵的娘亲，是郑成功的奶奶，因此二人也要随郑芝龙一同回老家探亲，这下正中郑芝龙的下怀.
  简单安排了军中事务，把手下数万人马给了副将刘文召统领，让他进安改编郑芝龙的人马，他们二将仅带着一支亲兵卫队，跟着郑芝龙就离开了军营，一行人快马加鞭直奔南安老家而来.
  行至半路，郑鸿逵和郑成功觉得不对了，福建南安老家应该往东南走，郑芝龙却带着他们往西南走.这叔侄二人就表示疑问.郑芝龙告诉他们有些事临时要办，先绕个道.这叔侄也没多想，只好一直跟着走，郑芝龙把他们叔侄骗到一荒野劝他们投降唐王，共图大事，二人一听就急了，一家三口再次反脸.这时伏兵四起，叔侄二人这才知道上了大哥(父亲)的奸当.
  一场混战，郑鸿逵和郑成功被擒，郑芝龙也没舍得杀他们叔侄，毕竟是亲骨肉，但是狠狠抽了他们俩一顿鞭子，然后把他们囚于金门岛.接下来的一场蓄谋之战，两路明军大败，郑鸿逵和郑成功的这路人马几乎全军覆没，副将刘文召被杀，李自成的人马也中了郑芝龙的烟幕弹，损失了上万人马.又丢了大片地盘，后退一百多里.
  后来李自成收集了郑鸿逵和郑成功的残部，二次进攻郑芝龙，一面加紧向朱由崧行文，这次朱由崧接到真实的奏报了，恼怒之余，亲率十万大军奔广东而来^